Το 1998, η ΔΕΠ Α.Ε. μετονομάστηκε σε ΕΛΛΗΝΙΚΑ ΠΕΤΡΕΛΑΙΑ Α.Ε. και εισήχθη στα  Χρηματιστήρια Αθηνών και Λονδίνου. Κατά τα επόμενα χρόνια, προχώρησε σε συστάσεις και εξαγορές θυγατρικών εταιρειών, όπως η ΕΛ.ΠΕ.Τ.- ΒΑΛΚΑΝΙΚΗ Α.Ε., μέσω της οποίας απέκτησε το πλειοψηφικό πακέτο του διυλιστηρίου ΟΚΤΑ των Σκοπίων, η ΕΛΛΗΝΙΚΑ ΠΕΤΡΕΛΑΙΑ – ΠΟΣΕΙΔΩΝ ΝΑΥΤΙΚΗ ΕΤΑΙΡΕΙΑ, η HELLENIC PETROLEUM CYPRUS, η ΕΚΟ SERBIA AD και η EKO BULGARIA  για την επέκταση των εμπορικών δραστηριοτήτων του Ομίλου στην Κύπρο, Σερβία και Βουλγαρία αντίστοιχα.

Το 2003, συγχωνεύθηκε στην ΕΛΛΗΝΙΚΑ ΠΕΤΡΕΛΑΙΑ Α.Ε. η εταιρεία ΠΕΤΡΟΛΑ ΕΛΛΑΣ Α.Ε.Β.Ε., μέσω της οποίας ο Όμιλος απέκτησε το διυλιστήριο Ελευσίνας. Κατά την επόμενη τριετία, ακολούθησαν συστάσεις θυγατρικών εταιρειών, όπως η ΕΝΕΡΓΕΙΑΚΗ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ Α.Ε., με σκοπό τη δραστηριοποίηση του Ομίλου στον τομέα παραγωγής και εμπορίας ηλεκτρικής ενέργειας, μέσω της κατασκευής και λειτουργίας εργοστασίου ισχύος 395 MW στη Θεσσαλονίκη, η ΕΛΛΗΝΙΚΑ ΠΕΤΡΕΛΑΙΑ – ΑΠΟΛΛΩΝ ΝΑΥΤΙΚΗ ΕΤΑΙΡΕΙΑ, και η ΕΛΛΗΝΙΚΑ ΠΕΤΡΕΛΑΙΑ ΑΝΑΝΕΩΣΙΜΕΣ ΠΗΓΕΣ ΕΝΕΡΓΕΙΑΣ Α.Ε., με σκοπό την παραγωγή, διάθεση και εμπορία ανανεώσιμων πηγών ενέργειας.
Επίσης,  αναπτύχθηκε κοινοπραξία της ΕΛΛΗΝΙΚΑ ΠΕΤΡΕΛΑΙΑ Α.Ε. (20%) με τις εταιρείες WOODSIDE ENERGY της Αυστραλίας (45%) και REPSOL YPF της Ισπανίας (35%), για έρευνα και παραγωγή υδρογονανθράκων σε περιοχές της Λιβύης.

Το 2007, με σκοπό την περαιτέρω ισχυροποίηση στον τομέα παραγωγής και εμπορίας ηλεκτρικής ενέργειας, σημαντικό βήμα αποτέλεσε η υπογραφή Μνημονίου Συνεργασίας μεταξύ της ΕΛΛΗΝΙΚΑ ΠΕΤΡΕΛΑΙΑ Α.Ε και της Ιταλικής EDISON SpA.
Στον τομέα Έρευνας και Παραγωγής Υδρογονανθράκων υπογράφτηκαν δυο συμβάσεις παραχωρήσεων στις περιοχές West Obayed και Mesaha, στην Αίγυπτο.

Το 2008  ολοκληρώθηκε η συμφωνία στρατηγικής συνεργασίας με την ΕDISON και συστήθηκε η κοινή εταιρεία συμμετοχών ELPEDISON, με στόχο τη δημιουργία ενός σύνθετου ενεργειακού  χαρτοφυλακίου, δυναμικότητας 1.500MW – 2.000MW, καθώς και την περαιτέρω δραστηριοποίηση στην εμπορία ηλεκτρικής ενέργειας.
Στον τομέα εμπορίας χημικών, πραγματοποιήθηκε σημαντική εμπορική συμφωνία μεταξύ της ΕΛΛΗΝΙΚΑ ΠΕΤΡΕΛΑΙΑ Α.Ε. και της INEOS CHLORVINYLS, μια από τις μεγαλύτερες εταιρίες παραγωγής χλωρίου-αλκαλικών στην Ευρώπη, για διανομή ρητινών στην Ελλάδα.
Επίσης, μεταβιβάστηκαν τα δικαιώματα έρευνας και παραγωγής υδρογονανθράκων στη Λιβύη στον Γάλλο-βελγικό ενεργειακό όμιλο GDF Suez.
Στον τομέα της διεθνούς εμπορίας πετρελαιοειδών, πραγματοποιήθηκε η εξαγορά του 100% της Opet Aygaz Bulgaria EAD στη Βουλγαρία., ενισχύοντας έτσι το χαρτοφυλάκιο του Ομίλου στη Ν.Α. Ευρώπη.

Το 2009, με στόχο την ενδυνάμωση του Ομίλου στην εγχώρια λιανική αγορά πετρελαιοειδών και την περαιτέρω ανάπτυξη της εμπορίας, η BP HELLAS μεταβίβασε τα εμπορικά δικαιώματά της στην Ελλάδα στην ΕΛΛΗΝΙΚΑ ΠΕΤΡΕΛΑΙΑ Α.Ε., συμπεριλαμβανομένων του δικτύου πρατηρίων καυσίμων, αποθηκευτικών χώρων, καθώς και εμπορικών και βιομηχανικών πελατών.